一种合生元羊奶粉的制备方法，首先将益生菌活化后制成益生菌菌泥，然后向益生菌菌泥中添加复合冻干保护剂，冷冻干燥获得冻干益生菌菌粉；将原料羊乳经净化及标准化后减压浓缩得原料羊乳；向浓缩后的原料羊乳中加入益生元后通过喷雾干燥获得含益生元的羊奶粉，并冷却到室温后过筛；再将过筛后的含益生元的羊奶粉在无菌条件下与益生菌菌粉混合得到合生元羊奶粉。本发明将益生元添加在浓缩脱脂或全脂羊乳中添加，有利于益生元分散均匀；益生菌采用冻干法制备，并添加了冻干保护剂，活菌数高，菌种在1010cfu/g以上；通过在羊奶粉中添加益生元，对益生菌也有保护作用，能提高益生菌的存活率及增加羊奶粉的功能性。